História
A cidade do tesouro perdido Município chamou-se Jaboatão e foi fundado pelos jesuítas, que escolheram o local para suas preces.
Ha duvida quanto à fundação de Japoatã, que foi habitada anteriormente por Índios. De acordo com a Enciclopédia dos Municípios Brasileiros, a versão mais provável e que tenha sido fundada pelos franciscanos, sob a inspiração de frei Antônio Santana Jaboatão, que teriam construído uma capela e um convento em 1572. Sabe-se que foi no ano de 1575 que se iniciou a conquista do território de Sergipe, a partir das margens do Rio Real, no Sul do Estado. O certo e que antes de 1630 já existia o convento construído pelos jesuítas sobre o Monte Jaboatão.
O professor José Bezerra dos Santos, em seu livro “O Tesouro de Jaboatão”, relata que os frades jesuítas escolheram aquele local para suas preces, e descanso das jornadas fatigáveis e abrigo seguro onde guardassem, sem receio, as joias e alfaias da Igreja. "Para isso levantaram as grossas paredes do mosteiro, plantaram no cume do monte o Cruzeiro de Pedra, Santo Pio e, a determinada distancia, ergueram a Igreja Nossa Senhora das Agonias".
Alguns cristãos se ofereceram para escavar um subterrâneo sob o monte, com labirinto e largos corredores onde foram colocados os mais preciosos bens da igreja, ficando a salvo dos inimigos.
Em 1757, Jaboatão era uma fazenda-modelo com Igreja Nossa Senhora das Agonias atual “Igreja de Nossa Senhora do Desterro”, mosteiro e casas dos escravos dispostas ao redor, além de alguns moradores livres. Em 30 de dezembro de 1768, os jesuítas foram expulsos de suas terras, por ordem do Marques de Pombal, o qual confiscou os bens da companhia.
Com a saída dos jesuítas, tudo ficou no abandono. A povoação quase se extinguiu, e o velho convento e a igreja ruíram. Desta época ainda encontra-se intacta a Pia Batismal na Igreja Nossa Senhora do Desterro. Os habitantes das redondezas aproveitaram o material para novas construções no mesmo local onde os jesuítas moravam. As novas povoações deram o nome de Jaboatão, aceitando a hipótese de que foi o frade franciscano quem primeiro catequizou os índios da região.
O significado da palavra Jaboatão deriva da palavra indígena Inhapota, que significa madeira alta, matas grandes. "As matas do local onde hoje e a cidade podem ter sido muito altas e fechadas."
A primeira noticia sobre a evolução política de Japoatã é datada de 23 de dezembro de 1910 quando o então presidente do Estado, Luiz Garcia, assinava a lei criando o município de Jaboatão, desmembrando seu território de Pacatuba. A população de Pacatuba não aceitando o fato, contaram com o apoio de influentes políticos da época que fizeram com que a lei caducasse e o município não fosse instalado. Uma nova lei, porem, assinada em 20 de outubro de 1926, transferiu a sede do município de Pacatuba para o povoado de Jaboatão.
Somente pelo decreto-lei 69, de 28 de março de 1938, doze anos depois, Pacatuba foi novamente elevada à categoria de vila,
Em 31 de dezembro de 1943, Jaboatão e seu distrito Pacatuba passaram a ter a denominação, respectiva, de Japoatã e Pacatuba, por causa do decreto-lei numero 377. Segundo Antônio Marques, isso ocorreu porque os povoados, vilas e municípios brasileiros não podem ter nomes iguais, o que dificulta a administração federal. Por isso os primeiros municípios fundados tiveram seus nomes confirmados e os mais novos foram modificados.
A situação durou ate 25 de novembro de 1953, quando à lei numero 525-A criou o município de Pacatuba, desmembrando-o do de Japoatã.
Atualmente Japoatã e uma cidade pacata e agradável. Mas a população reclama da não preservação da historia da cidade. "Atualmente existe poucos prédios antigos na cidade e os que ainda restem estão sendo descaracterizados”.
População atual de Japoatã 12.938 habitantes. Bioma: mata atlântica. Área: 420,49 km2.